方法发明专利侵权案件由于难以获得和固定实施方法的过程，因此普遍面临举证难、维权难的情况。如果涉案专利涉及新产品制造方法，专利法及相关法律法规给予了特殊保护。《专利法》第六十一条第一款规定，专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四条第一款规定，因新产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼，由制造同样产品的单位或者个人对其产品制造方法不同于专利方法承担举证责任。在涉及新产品制造方法的发明专利案件中实行举证责任倒置规则。

 

 

而对于非新产品制造方法发明专利侵权纠纷的举证责任分配，相关法律和司法解释均无特殊规定。但权利人同样存在举证困难的尴尬局面。若仅简单适用一般举证分配规则，一味强调由权利人举证证明被诉侵权人使用了其方法发明专利权，并在权利人尽其所能仍无法提供直接证据时令其败诉，这不仅可能无法查清客观事实，也会导致方法发明专利权的保护难以落到实处。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百零八条规定，对负有举证证明责任的当事人提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，确信待证事实的存在具有高度可能性的，应当认定该事实存在。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七条规定，在法律没有具体规定，依本规定及其他司法解释无法确定举证责任承担时，人民法院可以根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人举证能力等因素确定举证责任的承担。

 

 

具体来说，对于非新产品制造方法发明专利而言，由于其权利保护范围由方法步骤构成，而方法步骤的实施一般在被告的经营场所内或者被告管理、控制的场所内完成，故原告通常很难直接证明被告使用了其专利方法，特别是在被控侵权行为已经停止的情况下。因此，在实践过程中，如果原告已提交可靠的初步证据证明被告有较大可能使用了其专利方法，从公平的角度出发，此时举证责任应当转移至被告，由被告来证明其使用的方法与原告专利方法不同。如果不考虑优势证据规则和举证责任的转移规律，一味强调应由原告举证证明被告使用的方法落入原告专利方法的保护范围，并在原告尽其所能但无法提供直接证据时令其败诉，则不仅可能导致最终裁判结果与客观事实南辕北辙，也会导致方法发明专利权的保护难以落到实处。本案原告已提交可靠的初步证据（鉴定结论）证明被告有较大可能使用了其专利方法，此时举证责任应当转移至被告，由被告来证明其使用的方法与原告专利方法不同。而被告关于所使用方法的辩解，未提交有效证据加以证明，且明显与鉴定结论相悖。综合全案情况，法院认为被告使用了原告专利方法具有高度可能性，并判令被告承担相应民事责任。