（1）协议期限：应视当事人具体考虑而定。例如，从引证商标权利人角度讲，可以考虑这样的措辞，如“若申请商标未被批准注册，则协议自生效行政决定或法院判决之日自动解除。如果主管机构采信本协议并批准申请商标注册，则本协议有效期至申请商标失效或被无效之日。”如此约定的主要考虑因素是，既然共存协议涉及申请商标的注册与使用两种不同的交易，那么若前一个情形发生时，则共存协议亦无存在必要。但如若申请商标被批准注册，则共存协议效期与商标有效期保持一致，至少使商标申请人受到合同约束（如使用范围的约定）；且在违约时承担法律责任，以增强对引证商标权利人的保护。

如果从商标申请人角度讲，则可以约定，“本协议有效期至引证商标失效或被无效之日。”这样即使申请商标未能被核准注册，商标申请人也可以依据前款中的“允许使用条款”，先行使用申请商标。在通过使用获得更高显著性后，再次尝试申请注册。此外，在引证商标失效或无效后，商标申请人就可以不再受合同关于使用方式、范围等的合同约束。

（2）违约责任条款：鉴于共存协议更多涉及对引证商标权利人的保护，因而有必要明确商标申请人的违约责任，包括由此产生的引证商标权利人的单方面解约权、商标申请人应承担的支付违约金责任、商标申请人是否须停止使用商标；如此等等。

有些特定的共存协议，需要考虑加强对商标申请人的保护，比如商标真正使用人与商标抢注人达成的共存协议。如果商标抢注人的违约成本低于其通过违约可能获取的“利润”，则商标抢注人很可能会单方撕毁协议，再度诉诸异议、无效等程序。这类协议应特别注意采取预防措施，例如可规定高额违约金条款等。但共存协议中，引证商标权利人往往处于较强的谈判地位。如此，一般只在共存对价比较丰厚的情况下，才可能达成如此违约金条款。

（3）适用法律条款：在一方当事人为境外当事人情形下尤为重要。合同准据法适用于对合同条款的解释，以及对当事人履行合同行为的判断。既然共存协议旨在用于在华注册商标的程序，约定适用中国法是适当的。

（4）争议解决条款：既然涉及合同法律关系，且一方当事人可能居于境外，选择仲裁方式十分必要。这不仅因为仲裁员多为各领域专家（包括知识产权领域），而且仲裁裁决可以在世界160多个国家得到承认和执行。中国国际经济贸易仲裁委员会和北京仲裁委员会是首选。