首先是主管部门不同。高新技术企业的主管部门是科技部火炬中心，软件企业的主管部门是工信部。

其次，认定标准不同。高新技术企业是省级科技主管部门进行百分制的评审，然后到火炬中心备案，认定门槛高，行业特征不明显。软件企业只需省级部门审批就行，准入门槛低，行业特色鲜明。

第三，优惠政策不同。高新技术企业除了有所得税的减免征收外，在北京还能享受高级人才户口进京的优惠政策。而软件企业对于小规模纳税人来讲只有所得税的优惠政策，且周期较短。

第四，复审制度不同。高新技术企业的资质是三年复审，六年重审。软件企业是每年都要年检。