从权利所属这个层面上讲，二者并没有实质性差别，二者的差别主要体现在程序上。

以中国申请人为例：

1.马德里商标可以一份申请书申请多个国家多个类别的商标，而普通的涉外商标要一个国家一个国家逐一申请；

2.马德里商标可以直接通过中国国家商标局直接提交申请，而普通的涉外商标一般要委托当地事务所或律所提交，部分国家需要公认证手续；

3.一般直接在各国注册的商标都会有商标证书，而通过马德里指定的则没有，需要时可到当地商标主管部门开具商标证明；

4.直接在各国注册的商标不要求该商标在中国已经申请或注册，通过马德里指定需要在中国已申请（阿尔及利亚需注册）；

5.直接在各国注册的商标相互独立，通过马德里注册的商标如果五年内原属国的商标被无效或撤销，则马德里国际注册也将被撤销；

6.各国商标审查时间有长有短，马德里商标审查期为12或18个月，超过期限未驳回则视为核准注册；

7.相对于直接在各国申请商标，指定的国家越多，马德里商标越便宜；

8.很多国家并不是马德里协定或议定的成员国，不能通过马德里指定。